El Instituto es Unidad Operativa de Maestrías y Doctorados en Ciencias Médicas, Odontológicas y de la Salud de la Universidad Nacional Autónoma de México. El objetivo es la formación de científicos capaces de promover y desarrollar investigación original en los diversos ámbitos de las ciencias neurológicas, proporcionándoles facilidades para la profundización en el campo, ya sea para el ejercicio académico, la generación de nuevos conocimientos o la solución de problemas prioritarios.

El programa de maestrías y doctorados apunta a la formación de líderes en la investigación y la docencia de las ciencias neurológicas mediante las diversas actividades académicas que incluyen a la investigación original que conduce a la tesis de grado; los seminarios que proporcionan al alumno una sólida formación científica y el ejercicio docente que fortalece su experiencia didáctica. Los programas de maestría y doctorado se orientan a la elaboración de tesis de investigación rigurosamente supervisadas que conduzcan a la obtención de grado.